किरण रिजिजू एक विवाद के केंद्र में आ गए हैं जो उड़ान में विलंब से जुड़ा हुआ है। खबर है कि कथित तौर पर उनके कारण लेह से दिल्ली आने वाली एक उड़ान में करीब एक घंटे की देरी हुई और उनके तथा उनके सहयोगी की खातिर विमान से कथित तौर पर तीन यात्रियों को उतार दिया गया जिनमें एक बच्चा भी था। उड़ान भरने के लिए विमान के दरवाजे बंद हो चुके थे लेकिन इसने तय समय पर उड़ान नहीं भरी क्योंकि रिजिजू और उनके पीए को सवार होना था। सूत्रों ने कहा कि जब वह पहुंचे तो तीन यात्रियों को कथित तौर पर विमान से नीचे उतार दिया गया।
एयर इंडिया के एक प्रवक्ता ने कहा कि इस घटना को लेकर विस्तृत जानकारी मांगी गई है। रिजिजू का दावा है कि उड़ान में देरी नहीं हुई क्योंकि रवानगी के समय में तकनीकी कारणों से पहले से ही बदलाव किया गया था।रिजिजू ने दार्जीलिंग से कि रवानगी 11:40 पर हुई। मैं नहीं जानता..हो सकता है कि समय में बदलाव का मुद्दा रहा हो।. यह विलंब नहीं था। यह गलतफहमी है।’ उन्होंने कहा कि वह सिंधु दर्शन महोत्सव में भाग लेकर दिल्ली लौट रहे थे और उसी समय एयर इंडिया की उड़ान के ‘समय में अचानक से बदलाव हुआ था।’ मंत्री ने कहा, ‘मैं लेह से हेलीकॉप्टर के जरिए लौटने वाला था।