सीबीआई ने शीना बोरा हत्याकांड की जांच मंगलवार को अपने हाथ में लेते हुए उसकी मां इन्द्राणी मुखर्जी और दो अन्य लोगों के खिलाफ हत्या की आपराधिक साजिश रचने का मामला दर्ज किया है। महाराष्ट्र सरकार द्वारा 10 दिन पहले मामले की जांच सीबीआई को सौंपे जाने की घोषणा के बाद, सीबीआई की विशेष अपराध शाखा ने विशेष अदालत में इन्द्राणी, उसके पूर्व पति संजय खन्ना और पूर्व ड्राइवर श्यामवर पिन्टूराम राय के खिलाफ मामला दर्ज किया है।
सीबीआई ने आपराधिक साजिश, हत्या, अपहरण, सबूत मिटाने, जहर देकर नुकसान पहुंचाने सहित भारतीय दंड संहिता की विभिन्न धाराओं तथा शस्त्र अधिनियम के तहत मामला दर्ज किया है।आरोपियों द्वारा शीना की हत्या के लिए आपराधिक षड्यंत्र रचने के आरोपों के बाद, मुंबई पुलिस ने इस सिलसिले में मामला दर्ज किया था। सीबीआई ने इसकी जांच अब अपने हाथ में ली है।
जांच एजेंसी के प्रवक्ता ने एक बयान में कहा, साजिश के तहत, आरोपियों ने कथित रूप से शीना का अपहरण किया, उसकी हत्या की और शव को ठिकाने लगा दिया।मुंबई के तत्कालीन पुलिस आयुक्त राकेश मारिया की निगरानी की भूमिका पर अनिश्चितता के कई दिन बाद जांच सीबीआई को सौंपने का फैसला लिया गया। इस मामले की पूरी सक्रियता से जांच कर रहे मारिया को बीच में ही पद से हटा दिया गया।